新京报讯 据中国科学院音书,近日,中国科学院北京基因组盘问所(国度生物信息中心)赵文静团队、昆明动物盘问所王国栋盘问组、遗传与发育生物学盘问所张永清盘问组,在《核酸盘问》(Nucleic Acids Research)上发表了题为VDGE: a data repository of variation database for gene-edited animals across multiple species的盘问恶果。
基因裁剪动物在生物科学和医学盘问中发挥着伏击作用,在农业限制展现出骨子应用后劲。跟着基因裁剪时期的发展,基因裁剪动物的数目快速增长。学界越来越难得基因裁剪系统对生物基因组的影响以及基因裁剪动物可能出现的新发突变问题。当今,对于基因裁剪动物数据的整理、汇总及圭臬化分析相对败落,终结了盘问东说念主员挖掘和诈欺这些数据。
该团队从履行室基因裁剪猴和基因裁剪犬起程,相聚、整理并分析了当今具有家系全基因组数据的辩论数据集,构建了基因裁剪动物新发突变数据库VDGE,已毕了基因裁剪动物新发突变的圭臬化分析、整合和展示,为辩论数据的挖掘和诈欺提供了详尽信息平台。
VDGE包括物种、家系、样本、倡导突变、变异和辩论基因6个过失模块。当今,VDGE的数据主体起首于具有家系全基因组测序数据的辩论数据集,涵盖恒河猴、食蟹猴和犬等物种的107个动物家系、174个全基因组测序样本、56个倡导突变、115710个变异和12708个辩论基因。同期,VDGE整合了部分败落全基因组测序数据的基因裁剪猪和犬以及与它们辩论的倡导突变信息。异日,VDGE将整合更多的基因裁剪物种以及多种类型的变异数据,为科研东说念主员提供更全面和各类化的数据资源平台。
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